在霍格華茲的第五學年，對於在「三巫鬥法大賽」中親眼目睹好友西追(羅伯帕丁森 飾)的死亡，和與佛地魔(雷夫范恩斯 飾)首度正面交手的哈利波特(丹尼爾雷德克里夫 飾)來說，絕對是一次最冷酷的考驗。好不容易熬過漫長暑假，在開學之前，哈利卻收到魔法部的退學通知，原因是他違反規定，在校外以及麻瓜面前施展了魔法。然而，哈利是為了要驅趕闖入麻瓜世界的催狂魔攻擊，並且拯救同樣被攻擊的討人厭表哥達力(哈利梅林 飾)，逼不得已才使用魔法來自我防禦。但是魔法部卻完全不採信哈利的說詞，直到霍格華茲的校長鄧不利多(麥可甘柏 飾)出現來解危，才讓哈利重回到霍格華茲。只是在經歷了四年級的「三巫鬥法大賽」後，哈利波特回到學校後卻遭到同學的排擠。除了哈利的好友們外，幾乎沒有人願意相信哈利曾經與黑魔王佛地魔交手過。他發現幾乎整個魔法世界，都認為自己在說謊、質疑他的誠信。遭受旁人排擠而又孤獨的哈利，還依舊惡夢纏身，更糟的是這些夢魘居然還逐一成真。然而哈利唯一可以傾訴的對象鄧不利多教授，卻又在這個關頭刻意疏遠他，讓哈利波特更加困惑…。