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 萬曆三十九年，大師在端州鼎湖山養痾。有許多懦生相依請教，大師便寫了一篇《大學決疑》。

 第二年大師轉住五羊長春庵，對榮子講解《大乘起信論》、《八識規矩頌》、《百法明門論》等。又因以的所著的《法華擊節》文義聯絡不分，學者難以領會。於是又寫了一部《法華品節》。

 萬曆四十年，大師在長春庵結夏，對弟子請解《圓覺經》。經文剛講至一半，突然發了嚴重的背疽，請來醫生也治不癒，生命極其危險，五羊大將軍準備為大師安排後事，正在這時，來了一位本地土醫，一見大師的背疽便說：「很危險了，再過一會兒就沒救了！」他立刻到山採了草藥，搗碎敷上，隨即奏效，到了冬天就完全恢復了。背疽好後，大師寫了一篇文章感謝他。大師這時發背疽和四十八年前初坐禪一樣，同是宿業怨債，雖然在這四十八年中常有發生，但都隨禱而止，而這一次卻算是最後償還怨債了。

  次年，大師離開長春庵到衡陽去，在大善寺為眾僧說戒。馮元成居士替大師造曇華精舍，作弘法道場。這時太后逝世，大師在此建報恩道場，才開始脫去俗裝，穿還僧服。

 大師在東海時曾立意寫《楞嚴通議》，因一直無暇寫作，到這年五月動筆，五十日稿成，適大師高足悟心、顓愚來看望，大師即作詩贈之：

《送悟心融營座還京口》

空山擬伴若餘年，

何意東歸上法船。

好待海門孤月上，

話頭一為老僧圓。

《訊頻愚衡公病》

四大久觀如泡影，

痛魔何處用潛蹤。

主人自有安閒法，

只在無生一念中。

 萬曆四十三年（一六一五），大師七十歲、這年春天，大師為大眾講解《楞嚴通議》。四月，大師著《法華通議》，因為《擊節》和《品節》都未能融貫法華全文，因此又作通議來補充其疏略。接著大師又講解了《大乘起信論》及寫《起信論略疏》。

 第二年，正是達觀大師逝世的十二周年，大師難忘法門友誼，一直想親自去吊唁。至四月，大師離湖東，端午節又到武昌禮大佛。遊九峰山禮無念禪師塔。六月到了潯陽，遊東林寺，寫懷主詩。登上廬山吊徹空禪師塔。夏天在金竹坪避暑，在此寫了《肇論注》。廬山的幽勝環境，使大師產生了在此歸隱之意，於是遊覽了全山勝景，一路來隨緣弘法。七月，遊歸宗，登金輪峰，禮舍利塔，又在這裡留下一些詩篇。

 這時有一僧人把五乳峰讓給大師，大師見環境非常幽靜，很滿意，後由弟子們建造精舍。

 八月，大師到黃梅禮四祖和五租，入紫雲山，過桐城，遊浮山，登九華，抵金沙、渡梁溪，達惠山，過吳江，一路上會好友，談佛法，最後到達徑山寂照庵。