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萬曆三十九年,大師在端州鼎湖山養痾。有許多懦生相依請教,大師便寫了一篇《大學決疑》。
第二年大師轉住五羊長春庵,對榮子講解《大乘起信論》、《八識規矩頌》、《百法明門論》等。又因以的所著的《法華擊節》文義聯絡不分,學者難以領會。於是又寫了一部《法華品節》。
萬曆四十年,大師在長春庵結夏,對弟子請解《圓覺經》。經文剛講至一半,突然發了嚴重的背疽,請來醫生也治不癒,生命極其危險,五羊大將軍準備為大師安排後事,正在這時,來了一位本地土醫,一見大師的背疽便說:「很危險了,再過一會兒就沒救了!」他立刻到山採了草藥,搗碎敷上,隨即奏效,到了冬天就完全恢復了。背疽好後,大師寫了一篇文章感謝他。大師這時發背疽和四十八年前初坐禪一樣,同是宿業怨債,雖然在這四十八年中常有發生,但都隨禱而止,而這一次卻算是最後償還怨債了。
次年,大師離開長春庵到衡陽去,在大善寺為眾僧說戒。馮元成居士替大師造曇華精舍,作弘法道場。這時太后逝世,大師在此建報恩道場,才開始脫去俗裝,穿還僧服。
大師在東海時曾立意寫《楞嚴通議》,因一直無暇寫作,到這年五月動筆,五十日稿成,適大師高足悟心、顓愚來看望,大師即作詩贈之:
《送悟心融營座還京口》
空山擬伴若餘年,
何意東歸上法船。
好待海門孤月上,
話頭一為老僧圓。
《訊頻愚衡公病》
四大久觀如泡影,
痛魔何處用潛蹤。
主人自有安閒法,
只在無生一念中。
萬曆四十三年(一六一五),大師七十歲、這年春天,大師為大眾講解《楞嚴通議》。四月,大師著《法華通議》,因為《擊節》和《品節》都未能融貫法華全文,因此又作通議來補充其疏略。接著大師又講解了《大乘起信論》及寫《起信論略疏》。
第二年,正是達觀大師逝世的十二周年,大師難忘法門友誼,一直想親自去吊唁。至四月,大師離湖東,端午節又到武昌禮大佛。遊九峰山禮無念禪師塔。六月到了潯陽,遊東林寺,寫懷主詩。登上廬山吊徹空禪師塔。夏天在金竹坪避暑,在此寫了《肇論注》。廬山的幽勝環境,使大師產生了在此歸隱之意,於是遊覽了全山勝景,一路來隨緣弘法。七月,遊歸宗,登金輪峰,禮舍利塔,又在這裡留下一些詩篇。
這時有一僧人把五乳峰讓給大師,大師見環境非常幽靜,很滿意,後由弟子們建造精舍。
八月,大師到黃梅禮四祖和五租,入紫雲山,過桐城,遊浮山,登九華,抵金沙、渡梁溪,達惠山,過吳江,一路上會好友,談佛法,最後到達徑山寂照庵。