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 大師到了京都，奉聖旨下押鎮撫司。在升堂拷問時，執事官先受風旨，準備迫大師盡招太后在各山所施的資財。在苦刑的拷訊下，大師說：「我作為僧人來說是慚愧的，因為無法報答國家和人民給我的恩典。今天，我不會可惜這生命的完結，只是這樣不分青紅皂白的死去，的確有傷於皇上對太后的大孝啊！我如果為了奉迎皇上，曲意妄招而損壞了罔常之道，的確不是臣子愛護君王的誠心，這樣做怎麼對得起歷史上那些清白高尚的賢哲們呢？」大師以精誡之心抵制了誣告，僅招認了以前供養的七百餘金，願請皇上查內庫帳簿。當查清了內庫後，除了以前代賑的七百餘金外，果然沒有絲毫差錯，神宗這才明白過來，於是母子和好如初。但皇上還是以大師私自建寺為由，貶大師流放雷州充軍。

 自大師三月下獄起，京城內外諸寺院都為大師誦經禮懺，有些和尚還燃香煉臂持咒加持大師。

 到了十月底大師將南行時，朝中許多士大夫們，大多穿著褻服，偏倚一足來相送。

 十一月，大師到了南京，在長江邊上老母親來與大師訣別。大師見老母親歡喜交談，音聲清亮，胸中沒有絲毫的滯礙，於是問：「當您聽到兒死生之際，難道就不憂愁嗎？」老母親說：「死生是由業力而定，我自己的死生尚且不憂，何況是你呢。但人言參差，我對此事又沒有決定的見解，所以覺得有些懷疑。」母子倆就這樣坐談到天亮，在即將訣別時，老母親囑咐說：「你應善以大道自愛，不要替我擔憂，今天我也與你長別了！」老母親說完，頭也不回地欣然上路去了。大師望著母親遠去的背影，感慨地想：「天下的父母都能這樣，豈不可以頓盡生死之情了嗎？」於是下筆寫了一首《母子銘》：

母子之情，磁石引鐵。

天然妙性，本自圓成。

我見我母，如木出火。

木已被焚，火元無我。

生而不戀，死若不知。

始見我身，是石女兒。

 達觀大師因在石經山與大師相約，願在曹溪共振宗風，當大師遇難時，達觀大師正在匡山天池等候，聽到大師遇難的消息，內心大驚道：「要是失去憨山大師，那曹溪共興的願望也不能實現了！」

 達觀大師先趕到曹溪，然後到京請友好相救。再折回聊城，聽說大師準備離京，就回南京等待。

 大師到南京後，在長江邊一個庵中與達觀大師相見。達觀大師提議要大師陳白冤屈，大師不同意，認為這是定業所感，不必多言。臨別時，達觀大師把住大師的手臂說：「我在無地聽說你遇難，就對佛許下誦《法華經》百部的願，為了你平安，只有靠我的心願和你的口舌來完成了！」大師聽了，唯唯謝別。達觀大師又把所作的《逐客說》贈給大師。