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大師在這幾十年的修行歷程中，時刻不忘重興報恩寺，以前居五台龍門時，雖已有機會，但因需要費用太鉅，未能行動，到東海牢山時，也時刻在等待時機。現在、大師認為機緣已熟，因此就以送藏經的因緣到了京都，將報恩寺的始末奏上太后，並且說：「工程浩大，需要經費很巨，難於輕舉，願乞聖母每日減少膳饈日用百兩，這樣積累三年，工程即可開工，積累十年，工程即能完成了。」太后聽了十分高興，這年十二月就開始積儲經費。

 萬曆十八年的春天，大師書寫《法華經》，表示感謝太后的德意。在這期間，有一夥人策劃破壞道場。他們購買了方外的黃冠道袍，假稱大師占了他們的道院。並還聚集許多人，諍訟到撫院。當時的開府李公，瞭解了事件的真相後，非常痛恨這夥無賴之徒，就把他們送到萊州府治罪。大師也去萊州府聽察，並盡力替他們解救。可那數百名無賴不知大師的慈悲，依舊在府城裏作哄鬧事，並圍著大師不去。大師見狀，讓身邊的侍者到別處去，獨自一人徐徐而行。

 到了城外，這夥無賴的首領，持刀在大師前揮舞，欲想殺死大師。大師鎮定地看著他，笑了笑說：「你殺了我，怎樣處理自己呢？」這首領聽了大師的話，一時感到心虛，即刻收了刀，隨同大師到了城外的二里地。將要分路時，無賴們認為首領對大師有利，想動手毆打他。大師心中暗想：「他們要是一鼓動，這首領就有危險了。怎麼辦呢？」大師乾脆拉著首領同至寓處，關了門，脫了外衣，大師又擺出瓜果招待他。二人邊吃邊談，首領完全被大師感化了。這時滿市喧嘩著這樣一片聲音：「方士殺僧了！」太守聽到了這一消息，就派遣了府役把無賴捕了起來，無賴們惶懼地叩頭求免。大師就對無賴們說：「你們不要怕，待我去說說看。」大師到了太守前，太守問：「狂徒要殺你嗎？」大師說：「沒有，府役來追捕時，我正和他們的首領在吃瓜果呢！」太守又問：「哪他們又為什麼鬧事呢？」大師答道：「他們只不過是一般性的市集喧鬧而已。」太守想把他們拘留起來，大師說：「應把他們放掉，如果用枷鎖把他們拘起來，等於把惡人常放在身邊，這是沒有好處的。」太守聽大師這麼一說，忽然醒悟，立即下令叫地方官兵把他們驅散，狂徒不到三日，全部解散。這樣，狂徒鬧事的事就安寧下去了。

 這年，大師還寫了一本《觀老莊影響論》共八篇，其中論心法一篇文字雖最短，但卻已概括了儒釋道三教的中心思想。論心法中說：「我幼年學習孔教，俗不知孔教的源流；後來學習老莊學說，也不達老莊學說的宗旨。當退出世務，進入深山大澤時，努力於習靜觀心的法門。因為習靜觀心的功能，明白了三界唯心，萬法唯識的深妙道理，既然三界萬法都是心與識的幻現，那麼一切有形相的事物都是心的幻影；一切聲音語言，都是心的幻響。而一切聖人身體，是心的幻影中顯現最莊嚴的形相，聖人的言教，是心的幻響中最順於真理的聲音。正由於萬法唯心的緣故，因此治世的政治、法律、文學、藝術，以及資助人們生存的一切事業，如果它們是善的，有益於人類大眾的，那麼，也都是順於正法的。這是因為心外沒有一事的獨立存在，所以說萬事萬物都是真心所現。迷了真心的人，執著了客觀環境和主客心識，他們就無法徹證真心本有的妙用；假如悟證了自己本具的寂而常照，照而常寂的真如妙心，那麼，宇宙人生的一切現象，當下即是不可思議的妙有境界。但要悟證這萬事萬物的統一本源，而產生不可思議的妙用，這只有聖人才能達到啊！