三二０總統大選前，中央選舉委員會為了投票路線問題與選票有效無效認定成為焦點，中選會以依法辦理回應；三月十九日，總統、副總統在台南的暗殺未遂事件，中選會仍依法宣佈大選繼續進行；總統、副總統大選開票後，無效票高達三十三萬，而中選會主委黃石城依舊答道：「一切依法辦理！」；面對國親提出的種種驗票方式，中選會還是回答，依法行事。

中央選舉委員會所依據的法就是「總統副總統選舉罷免法」，而該法於民國八十四年八月九日立法院朝野動員制定，得以讓第九任總統、副總統選舉順利進行。

「總統副總統選舉罷免法」於去年十月九日修正過一次，而當時朝野攻防最激列的就是第二十一條的條文部分。二讀時，台聯立法委員陳建銘曾提出修正動議指出，「前項候選人應經由同一政黨推薦或連署人連署」，但是此一條文顯然造成國民黨與親民黨無法各自推薦一位人選組成同一組人馬。分別在二讀和三讀表決時，國、親二黨透過朝野協商運作，執政的民進黨也對該條文有所讓步，最後通過原條文「前項候選人，應經由政黨推薦或連署人連署」。因此，國民黨主席連戰與親民黨主席宋楚瑜不受法令條文限制，兩人以同一組人選資格出馬角逐總統大選。

此外，二讀時，朝野無異議地通過行政院版的「總統副總統選舉罷免法」第六十條與第六十一條，但是在三讀時，國、親二黨佔有席次優勢而通過國親版本。此後，對選舉無效票的認定方式，可在第六十條中找到，而其中「所圈位置全部於選欄外或不能辨別為何組者」正是造成三十三萬廢票的原因之一。三月二十日晚間十點，中選會主委黃石城被問及「為什麼無效票爆增？」，他才會以「一切依法辦理」作答。

國親指控中選會未因「總統、副總統槍擊案」而宣佈中止選舉，曾經一度準備控告中選會「選舉無效」。依照總統副總統選舉罷免法第二十九條條文「總統候選人之一於登記截止後至選舉投票日前死亡，中央選舉委員會應即公告停止選舉，並定期重行選舉」，但是總統陳水扁與副總統呂秀蓮在槍擊後，傷勢不危生命，而且兩人復元狀況良好，因此中選會再次依法宣佈大選繼續進行。

依法規定，中選會必須於開票後七日內公告總統、副總統當選人，就在最後一天限期公告日的下午，國、親立委率眾前往位於凱達格蘭大道不遠的中選會阻擋公告。但卻有媒體大肆報導是因委員會以十四比二的懸殊表決通過公告，因此造成民眾激動與警方對峙。據了解，當日委員會共有十六人出席，無黨籍中選會委員黃昭元一人請假缺席，而依法公告當選人是出席的全體委員共識，只是國民黨籍的中選會委員蔡政文與親民黨推薦的中選會委員李祖源擔憂在當日公佈也許會造成一些爭議。隨後，即有媒體補風捉影，暗示中選會其他委員帶有綠色色彩。

根據民國八十九年七月十七日修正公佈的「中央選舉委員會組織規程」第三條，中選會設置委員十一人至十九人，任期為三年，由行政院院長提請總統派充之，並提定一人為主任委員。但該條文同時規定，中選會委員，應有無黨籍人士，其具有同一黨籍者，不得超過委員總額五分之二。雖然中選會委員是由總統派任，但是以現今中委會內部情況，具有黨籍身份者僅四人，分別為民進黨籍中選會委員鄭勝助、台聯黨籍邱國昌、國民黨籍的蔡政文、國民黨籍的機關代表簡太郎，再加上由親民黨推薦的中選會委員李祖源等，其餘十二位中選會委員全屬無黨籍。因此，中選會主委黃石城在面對國親立委逼問時怒斥，不管誰當選，他都不會屈就，而且他絕對是公正、中立地依法辦事。

二十九日夜間十一時，國親律師團以「當選無效」向高等法院提起選舉訴訟，被告為中選會公告正副總統當選人陳水扁與呂秀蓮，而其主要訴求有三，包括當選票數不實、不當啟動國安機制、虛偽槍擊案妨害競選。對此，具有法學背景的立法委員邱太三指出，連宋陣營並無具體買票、做票證據，無法提出刑事訴訟，才會提起選舉訴訟，但是對方提出的三項訴求太過空泛，因此很明顯地只是運用訴訟達到政治訴求。此外，對於龐大的驗票費用，黃石城說，現在連宋陣營決定交由司驗票，其費用就交由法院規定。而擁有律師執照的邱太三說，依照慣例，是由提出訴訟的控方負擔所有的費用。

連宋陣營決定交由司法驗票，而被告也確定不是中央選舉委員會之後，聚集中選會十樓辦公室的媒體數量明顯減少。一位中選會內部工作人員私下透露，雖然這裡是藍天一片，但驗票結果也不可能讓大選結局翻轉。