行政院環保署2013年4月24日召開「淡江大橋及其連絡道路規劃環境影響差異分析報告」專案小組第3次審查會議，在審查過程中，贊成與反對淡江大橋及其連絡道路規劃的團體各自表述不同意見。主席最後裁示，「修正後通過」，需納入4項修正包括(1)涉及軍事用地應與國防部協商、(2)施工前加強陸海域生態基準資料建立、(3)文化資產與生態資訊應訂定停工復育機制、(4)成立環境保護監督小組，經委員會確認後送環評大會審議。交通部公路總局表示本案建設計畫已擬定完畢，俟環境差異分析影響通過後，將儘速提報行政院，預定建設計畫核定後6年完工。
 
贊成開發的開發單位指出，此變更案是為紓解八里及淡水的遊客及台北港與淡海新市鎮的交通量。將以既有道路連通地方道路，避免切穿十三行遺址，同時改以簡易鑽石型匝道進出主線，減輕對挖子尾自然保留區的生態影響。地方代表則說，淡江大橋興建加輕軌，相信對淡水和八里的突破很大，有助於疏通長期阻塞的交通量和促進地方發展；希望環評委員幫忙把關，將污染和環境影響降到最低，而非阻止淡江大橋興建。
 
反對開發的環團代表指出，要在敏感景點建橋茲事體大，應該避免破壞重要的自然生態。建設淡江大橋恐讓淡水夕照美景被切割，十三行遺址、挖子尾自然保留區都是台灣重要資產，更需要重視。
 
負責未來執行的新北市政府代表指出，現在淡水八里要推動台北港和淡海新市鎮開發，對外交通只靠台2線或台15線是不足的，整體發展聯外確實有興建淡江大橋的必要，但也希望將環境衝擊和負面影響減到最低，把效益提升到最高。
 
最後，主席最後裁示，「修正後通過」，需納入的4項修正包括涉及(1)軍事用地應與國防部協商、(2)施工前加強陸海域生態基準資料建立、(3)文化資產與生態資訊應訂定停工復育機制、(4)成立環境保護監督小組，經委員會確認後送環評大會審議。
 
淡江大橋案之可行性研究於2010年4月8日經行政院通過，期間因部分工程內容調整，交通部公路總局於2011年8月16日提送環境差異分析報告書供行政院環境保護署審查，並於2013年4月24日召開第3次專案小組審查。本次審查會議吸引許多關心地方發展之團體代表與會討論，立法委員吳育昇、新北市鄭戴麗香議員及蔡錦賢議員等均親自到場表示支持。
 
預期淡江大橋未來興建完成後將可做為台灣國際新地標，淡水往返八里交通將不須繞行關渡大橋，約可縮短15公里之路程，尖峰時段可節省45分鐘車行時間，並分擔淡水及北海岸部分車流，改善台2線交通，提供北海岸3座核電廠更為便捷之逃生路徑，藉以擴大台北港發展腹地，刺激北部濱海遊憩活動，做為淡海新市鎮之主要聯外走廊，串聯桃園航空城、台北港及北海岸地區，形成國際觀光軸線。

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