根據清初《使琉球記》中記載，宋朝福建湄洲的孝女林默娘（人稱媽祖）廿八歲時，因父兄駕船駛至閩江口海域，突遇巨風大浪，船毀人溺，媽祖得知，飛身入海拯救父兄，因而罹難，遺體當年隨海漂流至閩江口附近的小島（即今日馬祖的南竿），被漁民打撈上岸，並將她葬在海岸邊。湄洲鄉親不見媽祖下落，認為她羽化昇天成仙，遂建湄洲媽祖廟作為紀念。馬祖人則認為，媽祖葬於現今馬祖南竿馬港天后宮宮內的靈穴石棺中，且興廟供奉，相傳至今。這個島因而被稱為媽祖島，爾後又改為馬祖。馬祖地名因此而來，媽祖也成為馬祖居民最重要的信仰。

馬祖各島的村落中都有媽祖廟(天后宮)，另外白馬尊王也是重要的信仰，這是馬祖信仰的特色，除此外，列島上還有許多信仰。

    長佑海民的媽祖和漁民的關係最密切，在馬祖的信徒特別多，相傳馬港、鐵板和津沙的媽祖歷史最久;白馬尊王是五代時開閩有功的王審知在馬祖的信徒也很多。

    在馬祖列島中，還有不少保護神和地方英雄的傳說，三國時的關公、抗元名將陳文龍、楊公八使、玄天上帝、土地公、五靈公和臨水夫人是能為民除病、鎮妖降魔、救民苦難的神明;而地方英雄有西莒威武陳將軍、北竿趙大王、南竿梅石高總管和東引張將軍等。〈參考維基百科〉