在「船舶區」旁邊的是「荷蘭區」，展示的東西滿多樣化的，有被納入荷蘭國寶級的油畫、還有因為荷蘭人來到台灣後，相互接觸而產生文化交流，而被荷蘭人帶回荷蘭的中國青花瓷製品，這些瓷製品不只再當時受到到歐洲社會中貴族名仕的喜愛，一直到現在，荷蘭的觀光紀念品----藍白相間的瓷器，也是受到當時東方文化的影響。此外，在展覽中，我們還看到一幅油畫，是當時隨著荷蘭船艦來到台灣的荷蘭神父，當時在鄭成功攻擊荷蘭人之際，希望神父協助台灣人民勸荷蘭人回老家去，而這些荷蘭神父卻選擇不聽從鄭成功的話，而留在台灣，這些神父後來在台灣被處死或關入監牢，而他們的故事也被寫成有如劇本般的書籍，在這次的展覽中，也有展示出來供大家觀賞。

「荷蘭區」的一個展覽重點在於荷蘭於西元一六零二年在亞洲建立的貨物轉運中心----荷蘭東印度公司（簡稱VOC），這個建立在印尼的東印度公司，因為地利之便以及豐富的香料產地的背景，為東印度公司獲得了許多的利潤，同時也漸漸為荷蘭所視為擴展亞洲航海事業的根據地。而十七世紀的荷蘭在期待與中國進行貿易，卻未能如願的情況，與中國轉戰於澳門、澎湖，最後終於得到中國的首肯，來到了台灣，這個與印尼有著類似類景的海上交通樞紐，當然也為荷蘭人所重視著，在展覽區中設計了一個重現當時東印度公司的仕紳小組開會的圓桌，這個人數為十七人的小組視為東印度公司的大老們，或許我們可以說，這十七個人決定了當時東亞的經濟發展方向與航海事業的進行；而在圓桌另一端的場地正擺飾著東印度公司中的重要人物----顧恩，顧恩究竟是以如何的統治策略，來管理台灣原住民們，這是一個值得探討的一點，不過顧恩的野心與其說是放在殖民地的人民身上，不如說他更野心勃勃的在謀取經濟利益，他們的策略在於將台灣變成一個轉運中心，中國與日本的商品都是在台灣上船運到南洋、南亞，遠及荷蘭，而從台灣這裡出口的貨品，主要則是運到日本的鹿皮。