兩岸各地國稅局都在緊釘台籍幹部的薪資費用歸屬，若台籍幹部長期派駐大陸，卻由台灣公司支付薪水，除非可舉證對台灣公司確有貢獻者外，否則列報薪資費用將遭台灣的國稅局剔除補稅。

南區國稅局台南市分局查核轄內甲公司95年度營利事業所得稅時，發現旅費中列報數名員工來回台灣大陸差旅費，經查出入境紀錄，認定應為長期派駐大陸的台籍幹部，經向甲公司求證屬實，但甲公司無法提出具體事證，證明該名員工對台灣公司的貢獻，雖然公司確實有支付此筆薪資，但台南市分局仍對此部分薪資剔除補稅。

台北市國稅局人員也說，派駐大陸或海外關係企業人員的人事費用，應視實際勞務提供狀況認列歸屬，非屬公司本身業務相關的費用，不可列為台灣公司的費用。台北市國稅局查核A公司營利事業所得稅案件時，發現A公司的國外母公司為拓展業務、增加營運利潤，在台灣、香港及大陸分別設有子公司，母公司要求台灣A公司派任業務嫻熟人員至大陸B公司擔任廠長，進行管理及技術指導等工作，相關薪資約定由A公司支付。但依照一般公認會計原則及稅法規定，該支出不得列為A公司的費用及損失，因此將薪資費用剔除補稅。

勤業眾信會計師事務所會計師林淑怡表示，台籍幹部既然是在大陸提供勞務，實際貢獻也發生在大陸，薪水理應由大陸公司支付，如果由台灣公司向大陸公司收取費用，台灣公司會有所得稅，而且台籍幹部的所得來源在大陸，即使薪水由台灣公司支付，在大陸一樣會有個人所得稅問題，加上現在大陸稅務局也在加強查核，台籍幹部在兩岸的稅務風險都會增加。

台北市國稅局人員強調，台灣公司和大陸公司是各自獨立的企業，即使由台灣派員到大陸公司進行管理及技術指導等工作，依據收入成本費用配合原則，薪資應由大陸公司負擔，不得由台灣公司列報為費用支出。