經濟全球化已是潮流，企業的營運方向必須放眼全球，進行國
　　際營運布局，才能確實提升企業競爭力。政府為鼓勵公司進行全球營運布局，並將營運總部留在國內，特別祭出了公司營運總部所得免稅之優惠措施。
　　 南區國稅局表示，依照促進產業升級條例第70條之1之規定，為鼓勵公司運用全球資源，進行國際營運布局，在中華民國境內設立達一定規模且具重大經濟效益之營運總部，其下列所得，免徵營利事業所得稅：
　　一、對國外關係企業提供管理服務或研究開發之所得。
　　二、自國外關係企業獲取之權利金所得。
　　三、投資國外關係企業取得之投資收益及處分利益。
　　另外，企業營運總部租稅獎勵實施辦法第5條規定，促進產業升級條例第70條之1第1項各款之所得，其相關成本費用應分別辨認歸屬；無法分別辨認歸屬者，應以合理方式分攤之。
　　 南部某家經營門鎖製造業務的甲公司95年度所得稅結算申報案，申請營運總部免稅所得1億2千3百餘萬元，甲公司提出說明，其為全球營運布局需要，陸續在歐美、東南亞及英屬維京群島等地設有國外關係企業，營運總部則留在臺灣，甲公司並取得經濟部工業局核發之95年度符合營運總部營運範圍證明函。甲公司95年底，因變更營運計畫，而將其原持有英屬維京群島乙公司的股權（原始投資成本1億6千餘萬元）以3億1千4百餘萬元的價格出售給丙公司，另外，甲公司95年度包括薪資、租金等無法直接辨認歸屬的費用，採用收入比方式計算其出售乙公司股權應分攤的費用為3,100餘萬元，所以，甲公司列報營運總部免稅所得為1億2千3百餘萬元（314,000,000元-160,000,000元-31,000,000元）。
　　 經國稅局查核發現，甲公司申報的營運總部免稅所得1億2千3百餘萬元，並無不合，不過，該公司的非營業收入-出售資產增益項下列報處分乙公司股權之利益亦同為1億2千3百餘萬元，似有問題，該局進一步核對甲公司所申報的營業費用-薪資、租金等項目並未減除其應分攤至處分乙公司股權之費用，換句話說，甲公司營業費用已申報其處分乙公司股權之費用3,100餘萬元，卻又將這筆應分攤費用在出售資產增益項下減列，造成費用重複減列，該局最後核定調增甲公司所得3,100餘萬元，甲公司除須補稅775餘萬元外，還需額外負擔1倍的罰鍰。
　　國稅局呼籲，公司於申報適用營運總部免徵營利事業所得稅時，除應注意扣除相關之免稅費用外，更應注意海外所得申報金額是否正確？以免遭核定補稅處罰，使租稅優惠之美意大打折扣。
　　
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