有關台南鐵路地下化計畫地下水問題，市府與台南環保團體在內政部都委會擴大專案小組會中各執一詢，相爭不下，最後主席決議，雙方於半個月內提供補充資料及待釐清之疑問到委員會進一步釐情，期能透過仲裁解決此一紛爭。  台南環團指出，南鐵地下化環評資料，都沒有地下水位調查、地下水及排水系統因應對策，交通部地下水報告嚴重忽略台南市豐沛的地下水源，不能只考慮降雨下滲的雨水。
  環團發現鐵路地下化工程將造成工程西側地層下陷，工程東側地下水位將上升，並可能造成台南市東區、北區、仁德區等區域淹大水。又鐵路地下化工程，將阻斷有四百多年歷史的天然水道（文源溪、德慶溪、竹溪），官方卻將其當作普通箱涵，沒有評估遭人工阻斷後對台南地區的長遠影響，以及施工期間排水系統能否因應風災的風險評估。環團要求交通部提出往年至今之地下水監測資料與報告、提出排水對策。 
市府則表示，南市地形特殊，鐵路路線於鐵路地下化東區勝利路一帶為南市較高地勢所在，約有二十五米高，往西、往東、往南、往北均有傾斜，往東到仁德三爺溪，往西傾斜就到運河邊，是如台地一樣的地形走勢，不只是地面水會往兩邊流動，地下水也是往兩邊滲流，即使連續壁阻斷小部份水流，多數的水流仍然會循原來的路徑往西、往南、往北走，達成平衡。
  民間團體引述成大李振誥教授等人之資料，其內容為模擬連續壁一瞬間蓋成之極端狀況，實際連續壁施工費時六至七年才會完成，期間水流會自行尋找路徑，達成平衡，即使真如極端狀況一般，水流也能在九十天達成平衡，因此並不會造成水位壅高、土壤液化的現象。 
台南鐵路地下化為國家重大建設，鐵工局進行完善的設計，由於壅高通常位於地下水的最上部，因此預計完成連續壁後於離地面二點五至三米處進行敲碎或鑽孔作業，變成是一個破水的環境，讓兩邊地下水可以連通，使該處壅高的水流得以紓解。台南市鐵路地下化也不會有水文阻斷的問題。 
市府與環保團體各執一詞，是非曲直有待第三方公正專案會議來仲裁，期待市府與環保團體雙方準備好相關資料佐證，並接受公正仲裁結果，以免台南鐵路地下化陷入永無止息的紛爭，讓台南人期待已久的重大公共工程實現遙遙無期。