國科會鼓勵人才，每年都頒發傑出研究獎，獎勵在理論創新、實驗技術發展或儀具製作上，其研究成果能顯著提升我國國際學術地位的學者；或是領導執行大型、整合型之研究計畫或產學合作計畫，其成果對國家建設、產業升級或科學教育有重大貢獻者；其研究成果獲得國內、外專利，或論文在重要學術雜誌發表且具有創見者，可獲頒傑出研究獎；連續三次獲國科會研究獎，並且二度成功執行國科會特約研究計畫者，則獲頒傑出特約研究員獎。

 工程科學系講座教授黃吉川在八十七、八十九、九十一年度已經連續三次獲國科會傑出研究獎，並且分別執行「以分子動力學研究非編碼核醣核酸的結構生化性質」、「奈米材料與核醣核酸、蛋白質及免疫細胞之交互作用研究」兩個國科會傑出研究計畫成果輝煌，獲特約研究員獎殊榮。 成大黃煌煇校長，同時頒發一０一學年度五位講座教授和十二位特聘教授獎牌，鼓勵他們在學術研究和教學更上一層樓。