雖然體適能對學生健全品格與人格的重要性不言可喻，但在免試入學超額比序列入成績仍有不同意見，因此全國十五個國教免試入學區中，有基北區、竹苗區、中投區和台東區等四區將體適能排除在比序項目。而據已公布的「台南區免試入學超額比序項目積分對照表」，台南區則不但在多元學習表現的比序列入體適能，且比起獎勵記錄、幹部任期、社團參與、服務學習這四項最高八分、最低一點六分相較，體適能是最高八分、最低零分，分數落差最大，比起達均衡學習的兩分，體適能一項最高就是八分，對於要進入理想學校的學生，這是不能輸人的比序。

    邱莉莉說，教育部曾對外表示，只要國中在學期間，六個學期任一學期，通過體適能四項測驗任兩項即可，但她強調這是似是而非的說法，根據教育部公布的體適能項目採計原則，肌耐力、柔軟度、瞬發力、心肺耐力分別以一分鐘屈膝仰臥起坐、坐姿體前彎、立定跳遠、跑走四單項成績對照年齡衡量訂出門檻，舉例來說，十三歲的男生只要完成一分鐘二十九次屈膝仰臥起坐就通過，到了十六歲就要達到三十三次才及格，十三歲時立定跳遠一百四十八公分及格，十六歲時就要達一百八十公分，是否每個人都適合隨年齡增長的門檻採計其實是有疑問，這是否意味愈早通過檢驗愈好？

    若要愈早完成檢驗，則國小體育課程的正常化也是必要，但這涉及每個學生進入國中教育前的體育環境，目前國小體育課時數非常有限，有些學校連起碼的硬體設施都難以提供，這些都需納入十二年國教體適能成績列入比序的檢討。

    邱莉莉說，根據教育部公布去年獲體適能檢測合格教師名單，台南市有十七所、三十三名教師通過，但台南市有七十九所公私立國中，現有教師合格任體適能檢測員的學校明顯偏低，另外本市依學區提出體適能檢測站擴增計畫，共計十二所國中核定設站，後續比賽場地和時間如何儘可能符合公平原則，是教育局把體適能成績列為比序重點所必須考量的。