西元1871年（明治4年，同治10年）10月一艘琉球宮古島向那霸上繳年貢的船隻，在回航時遭遇颱風，漂流至台灣東南部八瑤灣（即今之九棚灣），船上69名乘客溺死3人，有66人登陸，闖入高士佛社（並非牡丹社，如今之牡丹鄉，故牡丹社事件之稱呼並不完全正確）原住民住地，後又因文化認知不同而遭殺害54人，逃過一劫的其餘12人則在當地漢人營救下前往台南府城，由清政府官員安排轉往福州乘船歸國。

此類事件在當時不時發生，按慣例皆由中國政府撫卹、送還本國。1873年日本政府外務卿副島種臣前往中國時向總理衙門提起此事時，大臣毛昶熙答覆：「二島（琉球與台灣）俱我屬土，屬土之人相殺，裁次固在於我，我恤琉人，自有措置，何預貴國事，而煩為過問？」日本拿出被害者中有四位小山縣漁民的證據，並力爭琉球屬日本版圖後，毛昶熙改言：「(台灣)生番係化外之民，伐與不伐，貴國自裁之。」

日本遂抓住這句話柄，向「無主番界」出兵。

1874年（清同治十三年）5月10日，日軍於社寮（今屏東縣車城鄉射寮村）登陸。5月18日到5月21日，日軍與台灣抗日派原住民有小規模接觸，互有傷亡。5月22日，佐久間左馬太率領日軍150人進抵石門（今屏東縣牡丹鄉石門村）遭到抗日派原住民強烈抵抗，最後日軍陸戰隊攀上峭壁居高臨下，情勢逆轉，原住民敗逃，牡丹社酋長阿祿古父子身亡。經此一役，多數採觀望態度的原住民皆靠嚮日本。6月1日起日軍分三路掃蕩抗日派的牡丹社、高士佛社、女仍社等原住民，沿途只有小規模抵抗，佔領後焚燒村屋並撤回射寮營地。7月1日，牡丹社、高士佛社、女仍社終於投降。(資料來源：維基百科)