1912年8月兩個著名辛亥革命功臣張正武和方文在北京被捕並被即決處決，而黎元洪支持對他們的處置，使總統獨裁權與國民黨的領導權再度發生嚴重衝突。

1913年3月依臨時約法，全國舉行普選新議會。國民黨選戰業績顯著，596名國會代表中有269名國民黨員，而上議院274名代表中，國民黨員占123人。這是國民黨執行主席宋教仁積極宣傳活動的成果，宋馬不停蹄地走訪了許多省市，在競選演說中他毫無保留地譴責袁世凱；宋能言善辯，富於激情和個性魅力，富有煽動力。袁世凱用盡一切手段千方百計想挖宋到自已的帳下，但宋軟硬不吃不為所動。3月20日夜，宋在上海火車站擬乘火車赴京出席議會時被人暗殺，兩天后死於醫院，年僅33歲。3月22日兇手被捕查獲的檔表明總理趙炳春牽連命案，國民黨在議會中要求趙引咎辭職，趙隨即被任命為直隸都督，但1914年2月趙在辦公室內神密死去。

1913年4月7日袁世凱與英法意德日五國銀行簽署貸款2500萬英鎊協定。議會以102票對69票通過決議否決貸款協議，但袁世凱不理采議會決議。此時，國民黨決定採取強硬措施趕袁世凱下臺。江西都督李烈鈞，安徽都督博文尉，廣東都督胡漢民均強烈反對貸款協議，並威脅使用武力達到目的。

袁世凱迅速在全國各戰略要地佈置重兵，並於6月簽署總統令解除李烈鈞，博文尉，胡漢民之職；7月南北雙方軍隊開火；7月12日李烈鈞部攻擊袁軍並宣佈江西省獨立；其他國民黨都督和將軍紛起回應李，7月13日黃興在南京，7月17日博文尉在安徽，7月18日陳炯明（已取代胡漢民）在廣東，7月20日許崇智和孫濤在福建，譚元凱在湖南紛紛起兵響應，此即著名的討袁二次革命。

此時蔣介石正在日本學德語，他原擬赴德國完成軍事學業，由於中國政局惡化，孫中山敦促他放棄留德計畫；當袁世凱軍與國民黨軍戰事暴發後，蔣介石回到上海；他的朋友陳其美於7月18日在上海組建反袁軍並任領導人，蔣介石建議先攻佔上海彈藥庫。7月22日，陳其美令革命軍進攻彈藥庫，北方守軍勇猛異常並擊退了進攻；7月28日革命軍再次進攻彈藥庫，在海軍支持下北方守軍再度進退革命軍進攻，戰鬥持續到29日，由於人數遠少於守軍，革命軍被趕至吳淞和寶山，後遭海軍戰艦炮擊而慘敗。其他各地反袁革命軍遇到相似的命運；8月5日，陳炯明被擊敗後逃至香港；8月15日江西落入袁軍手中；南京四面被袁軍包圍，黃興於7月29日登輪逃至上海，9月1日南京陷落；9月12日重慶反袁軍戰敗；在兩個月內反袁軍全線潰敗，10萬大軍被完全擊潰。

隨即袁世凱迫不及待要舉行總統選舉，因他已不滿足于任臨時總統了，儘管此時憲法尚未起草。10月6日國會舉行總統選舉，袁世凱通過賄賂和脅迫議員勝選，黎元洪同時當選副總統。當天西方列強正式承認中華共和國。

1913年10月15日員警總署簽發全國通輯逮捕令，孫中山，黃興，陳其美，李烈鈞，博文尉和其他國民黨領導人均在名單上； 11月4日袁世凱下令立即解散國民黨。議會中約430名國民黨議員被剝奪行使議員權利。由於國民黨議員的停職，議會名存實亡，幾個月後乾脆議會不復存在。1914年3月18日袁世凱頒佈憲法，取代1912年南京臨時約法，使袁世凱實質上成為獨裁者。