擔心史上首次的北北基聯測試務工作會「出包」。北北基100年聯測試務委員會決定與教育部及北北基3縣市教育局共同成立「申訴及緊急事件處理專案小組」，及「緊急聯絡網」，處理違規、疏失事件。

往年全國基測也會發生試務人員遲發答案卷、試卷汙損、考生患傳染性疾病等事件，北北基首次舉辦，預計狀況可能更多。因此，試委會決成立緊急事件專案小組，並由主委學校明倫高中校長王文珠擔任召集人。

委員會成員之一、北北基一考區主委學校華江高中校長徐善德表示，此次光是北市就設有建中等20處考場，且還有部分考場兼全國基測考場，試務工作較往年更複雜；如發生遲發試卷等違失情況，應及時回報專案小組，並在該科考試結束前，酌補時間給考生。

徐善德表示，專案小組也會在考試結束後，討論考生各項違規的扣分，原則上，違規扣分多寡都比照過去全國基測的做法。

教育部中教司長張明文表示，北北基考生人數眾多，且是重要考試，應成立危機處理小組，一旦發生違規事件時，才能在第一時間處理，做到公平公開。