南京市是中國四大古都之一，號稱「六朝古都」（東吳、東晉、南北朝的宋、齊、梁、陳），這是以中國傳統的朝代正朔觀，並且排除短期建都、之後遷都的不予計算得出的結果，但是如果我們以曾經在南京建都，並且在歷史上擁有獨立政權的朝代或國家來看，南京應該稱為「十二朝古都」。

「十二朝」按照先後順序，分別為：三國時代孫權的「東吳」、司馬睿的「東晉」、南北朝時期的「劉宋（劉裕）」、「南齊（蕭道成）」、「南梁（蕭衍）」、「陳（陳霸先）」、五代十國時期的「南吳（楊行密）」、「南唐（李昪）」、「明（朱元璋）」、「南明（朱由崧）」、「太平天國（洪秀全）」、「中華民國（孫中山）」等十二個朝代與國家。

綜觀這十二個朝代政權，就產生了一個問題，那就是感覺這些在南京定都的政權都很短命，東晉在南京最長，有103年，但也只能是偏安的格局；明朝立國最久，但定都在南京的時間卻很短，從朱元璋1368年在南京即位稱帝之後，雖然蒙古人已陸續被趕回北方塞外，但他仍感覺元人的殘餘勢力還在，偌大的中國主要的敵人還是在北邊，所以一直有遷都西安的打算，然而卻始終沒有完成。

1398年朱元璋去逝，由於太子先他而死，因此傳位給他的孫子朱允炆，也就是建文帝，這就激起了覬覦帝位已久的朱元璋第四子燕王朱棣的野心，朱棣此時封地在北京，這是朱元璋分封兒子們到邊境領軍以戍衛京師的策略，他認為以皇室子孫的親情血緣關係擁兵出鎮邊陲是最適當的安排，可以避免異姓武將擁兵自重形成藩鎮割據、危及中央。朱元璋是殘酷暴虐、陰狠忌刻君王的代表性人物，跟著他一起打天下的功臣宿將被他殘殺殆盡，他認為這樣是為了保障子孫繼位的政局穩定，然而歷史的發展與他的安排恰恰背道而馳，他這兩項自以為是的做法，留給子孫的是同室操戈、骨肉相殘。

1399年燕王朱棣發動「靖難之役」，正式與自己的姪兒建文帝爭奪皇位，由於會打仗的將領都被朱元璋殺光了，建文帝只能一路挨打，朱棣於1402年攻入南京，建文帝神秘失蹤，朱棣順利登基（明成祖），開始大殺建文帝的班底舊臣。後來朱棣大概覺得自己得位不正、提心吊膽睡不安穩，硬是把首都遷往他的龍興之地北京，而南京仍舊保持一整套中央政府的建制，但不實際推動政務，成為「冰箱政府」：專門冷凍不受寵的官員。

南京仍然保留著明初「造船廠」的遺址，那是專門打造鄭和下西洋所需的遠洋船隊的地方，從出土的船艦桅杆的長度來估算，鄭和所使用的遠洋船艦絕對是「超級航空母艦」的規模，一艘船可以容納數千名將士，而偉大的航海王鄭和七下西洋的目的，表面上是宣揚國威，向全世界傳達朱棣登基的喜訊及合法性，其實暗地裡的任務是朱棣懷疑建文帝朱允炆可能流亡海外，特派鄭和去逮捕他引渡歸國，或者直接就地處理，讓他從地球上蒸發，斬草除根。

南京，就這樣擔任超級大明王朝的首都不到60年。