馬英九涉嫌貪污的司法案件終於在國人近半年來引頸企盼之下偵結，馬英九被檢方認定犯罪事實及犯意明確，故以貪污罪名予以起訴，不但大快人心，更令人對侯寬仁檢察官捍衛司法正義的硬頸精神肅然起敬。
高檢署書記官長張文政先生也在第一時間召開記者說明會，說明高檢署偵結起訴馬英九的理由及始末。
涉嫌人犯意及犯行明確，且正犯馬英九也在第三次約談中坦承犯行不諱的案件遭偵結起訴，老實講，吾人一點都不覺得奇怪，但是對於起訴書中最引人注意的兩點現象，及高檢署書記官長在記者會中不經意透露出來有關檢調單位的有趣心態，筆者不得不提出來給予高度的注目及質疑。
現象之一就是起訴書中出現了兩種標準，以整起案件來看，馬英九是正犯，
代為蒐集假發票的北市府辦公室秘書余文只是車手的案情真相已蓋無疑義，但是極其吊詭的是，起訴書中竟然認定因護主心切，企圖隱瞞撒謊，一肩承擔罪行，造成其中個人亦有76萬元發票兜不攏的余文是企圖狡辯，毫無悔意，故應從重量刑；但是對罪證確鑿，事發後才急急忙忙拋棄「1117萬貪瀆款」的「貪污既成犯」馬英九卻由檢察官自由心證認為馬某深具悔意，並因事後已「出脫」贓款，故「主動請求」從輕量刑，並更主動認定涉有洗錢共犯嫌疑的戶頭周美青「不知情，且應無犯意」，故不在起訴的名單當中。這種應由法官認定量刑輕重及有無犯罪嫌疑的職權竟然由檢察官在起訴書提出，實在有點令人匪夷所思，讓人不禁對國務機要費中的公訴檢察團對本土總統「恨之欲其死」的凶悍表現發生極大的好奇，「同樣是貪瀆案，為什麼當事人受到的待遇有如天壤之別」？
現象之二就是起訴書中從頭到尾都沒有提出具體的求刑字眼，一時間給予社會各界一個無限想像的空間，導致事後中國國民黨的記者招待會中把侯寬仁檢察官沒有在起訴書中具體求刑的動作解讀為「侯檢察官心中也認定這個案件實際上是一種『制度殺人』的政治案件」的各說各話，這個想當然耳必然會引起各界解讀不一，且將造成極大紛爭後果的伏筆的確耐人尋味。
至於高檢署張書記官長在記者會中表示，查黑中心已經盡量對於馬英九的公務支出項目給予極寬鬆的認定，但是實在是貪瀆款項龐大，且收支最後仍有一千一百一十七萬的缺口，所以認定貪污犯行確立，故予以偵結起訴。言下之意就是「請泛藍民眾不要怪我們，我們已經盡量幫忙了！但馬英九貪瀆罪行鐵證如山，所以只好抱歉了！」這種檢調單位替嫌犯蒐集有利於嫌犯脫罪的證據的怪異現象，相信在台灣司法史上還是絕無僅有。
事後馬系立委賴士葆更在媒體撂下狠話說：從今而後我們亦將密集督促司法檢調單位要對呂副院長、蘇院長、翁院長，甚至更多的首長的特支費逐一加緊調查，一直杯葛到2008年為止。意圖施出焦土政策的撒手鍵，拖所有的首長陪葬。而中國國民黨御用的「廉能會」（其實更像是搽脂抹粉會）更在第一時間急著跳出來替馬英九背書，代為大喊冤枉。該黨黨團祭出「制度殺人」、「司法不公」、「政治迫害」、「司法史上最黑暗的一面」等等不一而足的指控，更是全面出籠，完全忘記了當時陳瑞仁檢察官起訴陳總統及第一夫人後，該黨及馬主席對台灣司法的讚譽及肯定。而馬英九的回應竟然是自食「中國國民黨排黑條款」而肥，乾脆跳過黨內協商及提名的程序，自行提前宣布參選2008年總統大選。黨國官僚「順我者昌，逆我者亡」、「嚴於待人，寬於律己」兩套標準的醜陋嘴臉及另類現象至此完全暴露無遺。
不過我們還是要對侯寬仁檢察官給予最高的敬意，畢竟獨木難撐大廈，在統派媒體及中國國民黨無所不用其極所造成的龐大假輿論壓力下，仍能守住司法的最後一道正義防線，已經「非常，非常的」難能可貴了。
倒是整起案件演變至今，包括國務機要費及全國6500位領有特之費的各級首長日後亦將面臨同一標準檢驗的一路發展，才正在考驗著台灣司法檢警單位往後能否不畏權勢，秉持絕對公正，獨立辦案的智慧、勇氣和決心，這個台灣司法的全新里程碑值得國人高度的注意和密切的觀察。