完全にオリジナルの、原作にないストーリーです。
世界滅亡の危機。B・Jはいかにして人類を救うのか。迫力満点のクライマックス。
新シリーズはとりあえずこれにて完結です。応援してくださってありがとう。
もちろんB・Jは不滅です！（ピノコもね）

生命のタイムリミットは２１時間！
ブラック・ジャック最後の戦い！！

スカイホスピタル（SH）に乗るB・J、白拍子医師、ピノコ、西川医師はフェニックス病に感染した疑いが強い。B・Jは犠牲者が増える事を恐れ、SHの行き先を東京から北極圏へ変更するように白拍子へ指示。この後、アラスカ州エレメンドルフ空軍基地の管制官からSHに連絡が入る。管制官は全ての状況を把握していると説明。大統領補佐官のクラーク・ボーマンは専門家たちがチームを作り、フェニックス病の対策を練っていると明かす。
その１人、ドクター・クーマは現在までに掴んだデータをSHに送信。クーマのシミュレートでは、B・Jらが死に至るまでの猶予は約21時間しかない。B・Jは全満徳から血液を採取し、免疫血清作りに取り掛かる。そして、時間が経過。猶予が残り８時間を切ると、クラークは空軍の管制室に超高熱ミサイルの発射準備をしろと指令を出す。フェニックス病の治療法が見つからない場合、全てを消し去ろうと考えているのだ。
B・Jはデータを分析し、フェニックス病の根本原因であるBOPは発電特性をなくせば、病状が治まるという考えに達する。クーマはその対処法を検討するが、発電特性をなくす方法はなかった…。この後、完全密封の服を着た蓮花と蒼龍がSHに現れる。蓮花は治療データを手に入れると、B・Jに銃口を向けて引き金を引く。その時、満徳がB・Jの前に飛び出し、銃弾は満徳の脳天に命中。同時に満徳も銃を撃ち、弾は蓮花の左胸に当たる。
B・Jは自分の病状が悪化する中、蓮花の手術準備を進める。その頃、猶予の時間が過ぎ、管制官は意を決して超高熱ミサイルの発射ボタンを押す。手術中、B・Jは蓮花の心臓が人工心臓と気付く。B・Jは内部電池の発電力が弱まっている事からフェニックス病の治療法を発見、白拍子に蓮花の血液から免疫血清を作るように指示を出す。初期型BOPと進化したBOPは電気極性＋と－が逆で、２つを一緒にすると発電特性がゼロになるのだ。
さらにB・Jは死んだ満徳の心臓を蓮花に移植する手術を行う。そして、ミサイルが爆破する直前、白拍子の操縦するSHが離陸。間一髪のところでSHは爆発に巻き込まれずに済む。そして、B・Jらはできあがった血清を注射して死なずに済む。帰国したB ・Jとピノコは喫茶トムに顔を出した後、爆破されたB・J邸の前へ…。