警方展開代號「臥虎」的行動以壓抑日益囂張的黑幫勢力，韋定邦督察安排上千名「臥底」探員混進黑幫，尤其要消滅當中的仁義社。首先被捕的是花仔全，仁義社頭目黎繼祥(雞精)遂派出他一手訓練的殺手刀手，將逮捕花仔全的「臥底」探員殺害，全遂不肯轉作汙點證人，韋定邦無奈。

鍾孝禮(Tommy仔)隨即被「臥底」搜集得販毒證據。他為求自保，不惜嫁禍給黎繼祥；仁義社的老大『老爺』遂默許消滅祥，並委派不知就?堛漱M手執行。當鍾孝禮以為一切已安排妥當，卻被華超(鏹水)的兒子DEE撞破他沒有著草，尚在香港。為防奸計被洩露，禮遂毒殺DEE。華超悲慟之餘，向警方揭發一切…此時，刀手已找到黎繼祥；他一直緊記祥的教誨：『當殺手要六親不認…』祥最終死在刀手刀下。

香港回歸之後，警方為了維護香港的社會治安，打擊黑幫勢力，安插了1000多名臥底進入各類黑社會組織中，其中又以氣焰最勱的洪興社團為主要打擊目標。早年做過臥底的韋定邦督察為這次代號「百年孤寂」行動的總指揮。洪興社團的龍頭老大雖然年事已高，卻深諳權利之術，很好地平衡著社團內各方的利益，自己卻並不直接參與其中，因此一直令警方束手無策。
　　各種犯罪活動主要由四個人控制：華超、黎繼祥、鍾孝禮、游志標。警方的滲透瓦解了他們四人表面看來穩定的關係，令他們感到草木皆兵，為求自保開始把刀伸向了對方。黎繼祥因為鍾孝禮的陷害被社團的殺手刺死，曾經是韋定邦警校同學的華超，在兒子被鍾孝禮所傷後重新成為臥底，鍾孝禮也難逃社團內部了清洗。最終，在潛伏於社團各處的臥底的配合下，洪興社團中的大小頭目一一落網，這個不可一世的犯罪社團被警方徹底摧毀。
　　幕後製作：「臥底無處不在」
　　《臥虎》的構思來自王晶無意中聽到的一則消息：在兩三年以前，香港警方開始派遣超過1000名臥底滲透到各類社團之中。乍看上去很平淡的事情，王晶卻從中嗅出了戲劇性，構思出《臥虎》的故事。《臥虎》中臥底的設置是一個直到影片臨近尾聲時才揭曉的懸念，一方面在影片中根本看不到臥底，另一方面你又可以從黑道人物的表現和轉變中感到臥底的力量，就像王晶說的：「臥底無處不在。」
　　對比《無間道》
　　《臥虎》與《無間道》同為臥底題材，王晶強調：「兩部影片是完全不同的，不論是內容、攝影、剪輯、人物之間的關係，完全都不一樣。」 在攝影上，《無間道》採用低反差攝影，強調了黑白不分明的混沌狀態；而《臥虎》選用了黑白分明的攝影，區分出警察和黑道社團的不同。
　　在內容，王晶指出：「《無間道》含有戲說的成分，《臥虎》是一部真實性很高的影片，許多情節都來自真人真事，我們不過是把人物的真實名字隱藏起來。」《臥虎》的背後有一個傳奇人物陳盛之，他堪稱香港黑白兩道的「活字典」，曾經是「慈雲山十三太保」的骨幹，對黑幫內部的事情瞭如指掌，後來棄惡從善，拿自己作教材告訴年輕一代不要走錯路，還當選了「香港十大傑出青年」。作為《臥虎》的顧問，陳勝之為影片帶來許多真實的情節，有香港警方這一方面的，也有黑幫這一方面的，王晶認為他能「糾正許多以往我們對於臥底這一特殊身份的誤解和缺失的想像」。
　　新鮮元素：內地導演加盟
　　內地導演王光利的加盟為《臥虎》注入了新鮮的元素。王晶認為：「內地導演有比較創新的想法，香港導演到底受了商業洗禮那麼多年，不可能完全脫離固有的價值體系，我希望有一點新的觀念衝擊《臥虎》。」
　　「真正的合拍片」
　　近期，香港電影市場的低迷促使很多香港電影人把目光放到了內地，與內地電影人的合作越來越多，但是合拍片的效果往往並不盡如人意，在談到這個問題時，王晶指出：「之前的許多合拍片都沒有真正地去『合』，沒有真正把雙方的優勢都集合在一起，然後產生化學作用。
　　而只是香港電影的風格，國內的演員只能充當一些反面的角色；或者完全是國產片的風格，香港演員走走過場。兩個地方的優勢不但沒有發揮出來，反倒受到了抑制，拍出來的作品當然兩邊都不討好。王光利從我一開始構思《臥虎》就一起參與了創作，他的許多想法已經先期植根到電影中，影片中既有他的黑色幽默，又有麥子善創造的港片的快節奏的緊張氛圍。」
　　審批順利通過
　　本片涉及到黑幫社團，但本片說的並不是單純發生在社團內部的故事，而是警察和社團的角力，影片的主旨正是在於反黑，從它的結尾也不難看出這一點。王晶本人也一再強調：「這不是一部黑幫片，它其實是一部反黑的警察片，是警察的壓力控制著黑幫社團的種種變化。相信這種題材不會給審查帶來影響。」
　　並且，王晶還明確表示本片不會為了迎合內地市場的觀賞口味而對本片做重新剪輯：「王光利從我寫劇本時就加入進來，他可以兼顧到內地電影審批的尺度，我們不希望影片拍成之後為了通過審批去做大規模的改動，而是希望把《臥虎》拍成內地觀眾會覺得好看，香港觀眾也會覺得好看，而審批又沒有問題的電影。」
　　花絮：
　　香港商業片的冠軍導演王晶邀請內地第六代導演合作拍攝本片。王晶坦言希望在《臥虎》中追求一種黑色幽默風格，而他看過王光利導演的《血戰到底》，覺得那種黑色幽默正好合適，遂決定邀請他合拍此片。
　　王光利早在寫劇本時就已參與創作，「片中既有他的黑色幽默，又有麥子善創造的港片的快節奏的緊張氛圍。」
　　監製王晶日前表示，希望「把《臥虎》拍成內地觀眾會覺得好看，香港觀眾也會覺得好看，而審批又沒有問題的電影。」
　　擅長搞笑的王晶，這回在《臥虎》中，擯棄其搞笑的特長，和觀眾玩起了懸念。
　　本片在拍攝過程中請來了香港傳奇人物陳盛之擔任該片顧問，此人曾是「慈雲山十三太保」的骨幹，後來他棄惡從善，拿自己作教材教育年輕一代不要走錯路，甚至還當選了「香港十大傑出青年」。
　　秦海璐在劇中當綱女一號，扮演一個深得「老爺」岳華寵愛的女人…蘇菲，也是這部以男人為主的影片中少有的幾個紅花中的一個。蘇菲出身於歡場，四十多歲，依然風韻猶存，多年來一直跟在「老爺」身邊。秦海璐塑造的這個角色，氣質優雅、雍容華貴，卻是一個在黑幫內部說一不二、威嚴十足的女人。這是秦海璐第一次扮演「壞女人」的角色，不僅是「壞女人」，還是一個說話份量極重的「黑幫大姐」
◎劇　　照　

臥底、黑社會、警察三條線的題材歷久不衰的，問題是說故事的角度能否推陳出新，突顯角色更人性的一面。《臥虎》的故事圍繞一個流傳在黑社會的傳聞：早就有成千上萬的臥底潛入了黑社會。苗僑偉飾演總督察，與黑社會龍頭老爺 (岳華) 及其手下幾名頭目 (吳鎮宇、曾志偉、張智霖) 周旋，最後發現社團內訌也許比用成千上萬的臥底更能有效對付黑幫…… 《無間道》令臥底題材再次在香港興起，導演麥子善和監製王晶除了借《臥虎》內容向《無間道》致敬，更起用吳鎮宇、曾志偉及余文樂等曾參演《無間道》系列的演員，以多線發展的情節帶出人性黑暗面。
韋定邦總督察 (苗僑偉) 一直對黑社會的惡行深痛欲絕，視打壓黑勢力為漫長的戰爭。三年前，江湖上傳出警方為了打擊黑勢力日益囂張，用上千名臥底探員，滲透黑社會組織。洪興社上下一直不放在心上，直至連隱秘的入會儀式也被警方得悉才驚覺。黑社會頭目鍾孝禮 (張智霖) 幾乎被臥底探員搜集得極有力的證據拘捕，其他如搞賭搏和借貸的華超 (吳鎮宇)、經營色情場的黎繼祥 (曾志偉)、後起之秀新界飛 (陳小春) 等人人自危，誓要找出臥底。韋定邦一直小小心翼翼，運籌帷幄，以期將洪興社一網打盡。黎繼祥往深圳找他的至愛 (郭羡妮) 時，他一手調教出來的刀手 (余文樂) 卻亦步亦趨……