敍述發生於1889年巴黎世界博覽會，在埃菲爾鐵塔上相遇的兩人和一隻─擁有神秘藍寶石的馬戲團少女娜迪亞、愛好飛機和發明的少年約翰以及娜迪亞的好友小獅子小獅王的故事。

娜迪亞和約翰從覬覦她所持寶石的葛蘭蒂斯一行人逃跑，並開始了尋找娜迪亞的尋找故鄉之旅。途中，他們巧遇邪惡組織“尼奧亞特蘭帝國”（或譯新亞特蘭帝國）的總統卡格伊所佔據的島嶼上倖存的少女瑪莉。但是，娜迪亞、瑪莉和小獅王被卡格伊拐走。為了拯救他們，約翰和葛蘭蒂斯三人組聯手，並且和萬能潛水艇鸚鵡螺號及尼莫船長等人相遇，最終還被捲入了和卡格伊的戰鬥。

本作品的主要構成是以傳說中的擁有超古代文明的大陸帝國─亞特蘭蒂斯帝國為主軸，第一部為鸚鵡螺號和尼奧亞特蘭雙方使用從前亞特蘭蒂斯人所造之先進機械來進行海底及空中戰爭，但第二部 為無人島悠閒生活的故事和在非洲發生的趣事，第三部仿佛宇宙戰艦大和號般的新鸚鵡螺號和尼奧亞特蘭的宇宙戰爭。

痞子社1990年的經典電視動畫《藍寶石之迷》（又譯：《不可思議的海之娜蒂亞》、《海底兩萬里》）目前製作方確認製作高清重製版，並將在4月7號NHK放送。舞臺是1889年的巴黎。 在萬國博覽會會場喜歡發明的少年John和馬戲團的少女Nadia偶然相遇了。以Nadia胸前所佩的謎之藍寶石為目標的格蘭蒂斯一夥登場了。在格蘭蒂斯一夥的追擊中John與Nadia出乎意外的冒險旅程開始了。

【背景介紹】

《藍寶石之謎》，日文名意譯《不可思議之海的娜迪婭》。根據儒勒·凡爾納小說《海底兩萬里》改編。 初看是基於法國作家儒勒·凡爾納的科幻小說《海底兩萬里》的冒險動畫，但完全不拘泥于原本的框架，架空式的流暢的劇情發展，加以深遠的世界觀設定和半架空式的背景，貞本義行的人物設計，鷺巣詩郎絕佳的原創音樂……，動畫界各知名聲優和製作人員早期的藝術結晶，由於故事完美的連續性，導致本片在商業上成為GAINAX的失敗之作，但是藝術上的成就是不可磨滅的，要真正瞭解日本動畫片，這部為必看作品之一。