DNA親 子鑑定原理
人 類的生命發源自單一細胞的受精卵，經由複製與分化而形成一個具有各種不同組織、器官與系統的完整個體。這個受精卵是由生殖細胞經減數分裂所形成的精子與卵 子結合而成的，因此每一個個體身上所攜帶的遺傳訊息均遵循著一半來自父親，另一半來自母親的遺傳法則，藉由遺傳訊息所表現出來的表現型或其本身所攜帶的基 因型，便可作為親子鑑定的依據。
近 年來，由於分子生物技術的進步神速，DNA的多型性系統被廣泛應用，其中又以聚合酵素連鎖反應技術(PCR)分析短相連重複片段(short tandem repeat; STR)的系統最被青睞，原因是STR基因型具有長度短、分布廣與鑑定容易的優點，又可以同時進行多組基因鑑定，增加鑑定的效率與準確性。
在 相連重複DNA中，重複單位之序列僅二至七個鹼基，且相連排列之重複次數極少者，稱為短重複序列變異型DNA (short tandem repeat; STR)，屬於微小衛星DNA (microsatellite DNA)。STR基因是在研究人類基因組之連鎖圖時被發現的，其重要的特性有：
(1) 長度短：平均約從100 bp至200 bp左右。
(2) 變異性高：此重複序列在DNA複製時，有可能因為滑動現象而改變重複的次數，因此在不同個體具有相當多的對偶基因型。
(3) 分布廣：散落 在整個基因組中，也就是在各個染色體上均找得到STR的蹤跡。
利 用PCR技術增幅STR基因（如上圖），重複的次數越多，PCR的產物長度就越長，因此可 以在其中一端的引子標誌上螢光標記，完成聚合反應之後，進行毛細管電泳分析並且檢測螢光產物長度的大小，便可計算出實際的STR重複次數。由於利用多種螢 光標記與區隔不同STR長度範圍的策略，可以在單一試管與毛細管電泳系統當中，同時進行多組STR基因的增幅與產物長度的分析，大大地增加鑑定的效率與降 低分析的成本。
在 下圖的STR結果當中，藍色的圖譜顯示，父親(13, 15)、母親(11, 14)、小孩(11, 15)，其中小孩的11來自母親，15來自父親，符合小孩的基因一半來自父親，另一半來自母親的遺傳定率。同理，綠色的圖 譜亦具有類似的結果。
參考資料：李俊億. 1993. DNA鑑定－ＰＣＲ. 中央警官學校. 第11章.
※http://wwwu.tsgh.ndmctsgh.edu.tw/cp/place2-3-5_TSGH_PT_FAQ.html
人類的基因體(genome)大約有30億個鹼基(nitrogenous base)，其中僅有5%的DNA序列含有基因，其餘序列大多是所謂的垃圾基因(junk DNA)，裡頭分佈著300多萬個片段的重複序列。這些重複性序列的數目在每個人身上均不相同，我們稱之為『不定數目重複序列』(variable number of tandem repeats, VNTR)。這些重複性序列普遍存在於基因體中，其功能尚不完全清楚，目前已知有10種以上的疾病是因為此區域的重複次數過多所造成，例如脆弱X染色體症候群(fragile X syndrome)、亨丁頓舞蹈症(Huntington syndrome)等，但此區也是提供親子關係鑑定的主要資訊來源。
人與人之間的遺傳變異僅為萬分之一，不同個體間主要差異的來源就是VNTR重複次數的多寡。利用VNTR在每個人身上重複次數不同，當限制酶切割該區域時，不同的個體會產生長短不一且數目也不相同片段，我們稱之為限制酶片段多型性(restriction fragment length polymorphism, RFLP)。這些切下來的片段，分子量各不相同，具有不同的移動能力，可利用電泳(electrophoresis)將不同長度的DNA分開，再經過印跡(blotting)、探針雜合(probe hybridization)等過程，便會呈現厚薄不一的條紋，這些條紋便稱為DNA指紋(DNA fingerprinting)，此為1984年由英國傑佛瑞(Alec Jeffreys)博士所發展出來的技術。
由於VNTR會遵循孟德爾遺傳定律，傳給子代，而每個人體內的每一對同源染色體，皆是一條來自父方，一條來自母方，故每個人切下來的片段應該至少會父母雙方中的某一方相同，只要比對三方的RFLP，便可確認親子關係。
近年來因聚合酶連鎖反應(polymerase chain reaction, PCR)技術的發展，DNA鑑定技術多利用PCR將所採到的樣本DNA擴增，並選擇VNTR中重複片段較短的微衛星(minisatellites)DNA，來作為檢測的標的。若遇單親的親子鑑定，還可利用母系遺傳的粒線體DNA (mitochondrial DNA) 或父系遺傳的Y染色體來確認。精子體內所含的粒線體非常少，受精卵內的粒線體多半來自於卵，因此比對子代細胞內的粒線體DNA可判定其關係是否為母子、母女或是兄弟姊妹；而男性的Y染色體在進行減數分裂(meiosis)時，並未參與聯會(synapsis)或基因重組，因此比對Y染色體可判斷父子、兄弟或父系親屬關係，這些均可做為親子關係判定上的相關佐證。