分子疫苗除了適用於流感病毒，未來也有希望開發出針對愛滋病毒（ＨＩＶ），以及癌症的分子疫苗。

中研院院長翁啟惠表示，ＨＩＶ至今研發不出有效的疫苗，它難纏的原因在於超過兩千種突變，雞尾酒療法雖然可以達到一定的效果，但是如果沒有辦法完全抑制病毒，會讓ＨＩＶ的抗藥性更嚴重；且ＨＩＶ蛋白質表面纏繞的醣分子很複雜，還會直接攻擊免疫細胞。

以此技術可將複雜的醣分子切除，暴露出ＨＩＶ中間的蛋白質抗原，讓疫苗的效果更好，且找到蛋白質結構的共同基因序列，發展出「萬用疫苗」，也可以有效改善ＨＩＶ病毒突變所產生抗藥性的問題。

分子疫苗也可應用到癌細胞上。翁啟惠表示，他的研究團隊從乳癌細胞中找到一種「Globo H」的醣蛋白分子，這種分子在癌幹細胞中也有。Globo H同時也存在於肺癌、攝護腺癌、卵巢癌，以及大腸癌的腫瘤細胞中。未來如能研發出針對Globo H的分子疫苗，將可望以預先施打疫苗的方式來防制癌症。

翁啟惠說，目前台灣分子疫苗的研發技術領先各國，而分子疫苗的研發製造過程都可以在台灣完成；目前的疫苗多採用注射的方式，未來分子疫苗若可改用口服，「整體生技產業就會完全改觀」。