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知名的音乐家接连遇害，而全部的受害者又恰巧都是著名钢琴家堂本一辉的门生。此时，柯南（高山南配音）一行人接受了堂本一辉的邀请来出席由他出资建成的音乐厅的落成典礼音乐会。在这场音乐会上将演奏巴赫演奏过的风管琴，世界著名的帕格尼尼制作的小提琴“神弦”的演奏。不过全场最亮点还是拥有着“绝佳音感”之称的天才歌手秋庭怜子（林原惠美配音）。对于这么难得一见的音乐会大家都是拭目以待。
然而在这个看似平静的音乐会背后，一直隐藏着的凶手却将秋庭怜子当作了新一个目标。但是就在凶手出手的那一刻，柯南等人出手相助保护了秋庭怜子的性命。没有成功的凶手于是把柯南等人当成了下一个目标。
小兰（山崎和佳奈配音）等人没有察觉到遭人袭击失去了意识的柯南，就兴高采烈的追随着人群进入了音乐会会场。音乐会如期举行了，由于出色的隔音效果，音乐会里面的人丝毫没有察觉到在音乐会大厅正在发生大爆炸，他们已经被一片熊熊烈火包围了。会场外的爆炸声还在继续着，完全沉浸在音乐世界中的人们还不知道自己俨然已经变成了人质。这时，小兰听到了她熟悉的旋律，那首有关于新一（山口胜平配音）旋律……
究竟这首曲子意味着什么呢？它能是揭开凶手真面目的线索么？恢复意识的柯南能否救出小兰等人呢？终究真相又是如何呢？