在日本素有「影像魔術師」之名的手塚眞，接受東森電影台專訪時談及了監督製作的過程中，所面臨的在創新與保有原味間的激盪，他表示，將【怪醫黑傑克】搬上螢幕最大的挑戰在於，如何不流一滴血，把TV版製作成老少咸宜的動畫，又同時符合原汁原味、手術場面逼真的漫畫原著；由於他父親手塚治虫具有醫學博士背景，在他原著中所有的醫學用語或觀念都具有專業水準，但對於一般大眾，特別是小朋友而言就顯得艱澀難懂，手塚眞在這方面也特別用心，除了對專業術語詳加考究外，還特別注意內容要淺顯易懂，種種努力都是希望讓【怪醫黑傑克】更加大眾化也更具娛樂性。

在手塚眞心目中，傑克是一個聰明又溫柔的人，他認為聰明的人通常會給人冷漠的感覺，但傑克卻不是這樣，他溫柔的心總是在與病人的互動中展露無遺，而哪位男明星符合這樣的形象呢？答案就是金城武。手塚眞說：「金城武的氣質與傑克相仿，由他來詮釋這個角色十分貼切，另外很重要的一點是，他希望這個角色是沒有國籍分別的，金城武正是他心目中符合條件的最佳人選。」

為了要讓30年前的角色走入現代人們的生活中，以及開發兒童市場，手塚眞特別設計了皮諾可這樣一個角色，在劇中皮諾可會用手機，傑克也使用電腦，這些都是原著裡那個時代沒有的。