在決鬥大會舉行沒多久後,各個地區的決鬥學院出現異狀,位於遊他們就讀的東部決鬥學院旁彩虹龍的上古封印和學生憑空消失,究竟是...

在遊等人面前出現的神祕人意圖要將決鬥怪獸世界和真實世界相互融合並使其毀滅,將擁有大量決鬥能量的學院學生,作為加速世界融合的燃料,而且也想利用封印中邪龍的力量,這讓遊等人不得不踏上前往已融合的世界區域來阻止世界融合,在神祕人的七魔神阻撓下,遊等人到底能不能救出同伴們,並擊敗敵人呢?第二部即將開始!

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好,接下來是新人物介紹,也有反派角色介紹

神代 流:神代 遊的父親,因為喜好冒險而離開家中,在陰陽差錯下被吸入了空間黑洞,而來到了決鬥怪獸世界,已3年沒有音訊,家裡的人認為他已死亡,流:『在這裡一樣也活的下去啦,只不過有些博士級的怪獸常常想把我抓去實驗呢,哈哈哈!!!』

中野 炎斗:是日下部 龍也的小學學長,同時也是中野 薰的親生哥哥,相當討厭龍也,相當疼愛妹妹,但自從龍也出現後,冷靜的性格就變得偏激許多,牌組為熔岩系列的炎屬性牌組,炎斗:『我警告你,龍也,要是你敢再碰我妹的話,我就好好修理你一頓!』

中野 薰:是日下部 龍也的同班同學,也是中野 炎斗的親生妹妹,喜歡龍也,是個文靜的女生,使用牌組為薰風系列的風屬性牌組,薰:『好了,哥,不要再這樣威脅龍也了啦。』

沙頓:神祕人之一,擁有七魔神中的(大地),使用牌組為岩石族為主的牌組

奈普登:神祕人之一,擁有七魔神中的(水靈),使用牌組為水族為主的牌組

鎢蘭絲:神祕人之一,擁有七魔神中的(狂風),使用牌組為風屬性為主的牌組

馬爾斯:神祕人之一,擁有七魔神中的(烈火),使用牌組為炎族為主的牌組

尚恩:神祕人之一,擁有七魔神中的(闇黑),使用牌組為闇屬性牌組,其真實身分是...

彼特:神祕人之一,擁有七魔神中的(天空),使用牌組為鳥獸族為主的牌組

摩克利:神祕人之一,擁有七魔神中的(神),使用牌組為光屬性牌組