对于日本自称属于日本大陆架的这几片海域，中国政府有不同的主张。对于日本这次勘测范围包括钓鱼岛及其周围海域，中国政府一再严正声明，钓鱼岛是中国的固有领土。对于日本这次勘测涉及的其他海域，中国认为，依据《联合国海洋法公约》有关规定，东海海底的地形和地貌结构决定了中国大陆领土的大陆架自然延伸至冲绳海槽，该海槽是中国大陆自然延伸的陆架和日本琉球群岛的岛架之间的天然分界线。日本则主张采用等距离中间线来划分中日两国之间的东海大陆架。

　　２００３年１１月，日本政府有关方面已经同日本石油矿物联盟、日本石油开发公司、日本钢铁联盟、日本土木工业协会等１０个与海洋开发事业相关的团体，组建了日本大陆架调查公司，并决定从２００４年正式开始对日本大陆架的地形、地质等情况进行全面调查，以便在２００９年５月之前，向联合国提交有关日本大陆架的地形、地质等详细测量数据及证明材料。

　　日本有关方面原来认为海上保安厅完全能够在这之前完成全部调查工作。但是，２００２年６月，俄罗斯申请延伸白令海峡、巴伦支海、鄂霍次克海等大陆架外侧界线的要求被联合国拒绝，其原因是俄罗斯提供的调查材料和数据不足以证明要求延伸的部分与陆地有着自然联系。日本认识到联合国的审查标准要比原来预想的严格得多。

　　按照联合国的标准，日本的海底地质、地形的勘查工作量要增加数十倍。例如，为了证明是陆地的延伸，必须大幅增加钻探和提取岩石标本，增加调查地点。原来计划钻探调查的地点只有６１处，但现在必须增加到２９９处。在地壳构造调查方面，原计划的海底观测线只有１１条，但现在必须增加到８２条。

　　工作量的剧增使日本海上保安厅无力按时完成调查任务，所以，要求经济产业省和文部科学省派出能够进行海底挖掘并采用声波探查的调查船协助调查，并呼吁政府同有海洋资源开发实际业务和经验的民间团体合作，利用它们的技术和技能一道进行海底调查，加快调查进度。海上保安厅还要求日本政府增加调查经费，将经费总额提高到１３００亿至１４００亿日元（１美元约合１０８日元）。

　　这种状况已引起了日本有关方面的极大关注。不久前，日本执政党的干事长和政策协调会长专门为此举行会谈，要求政府将大陆架调查工作放在“极其重要的国家项目”的高度，强化相关政府部门的协作，官民协作，做好调查工作。日本政府决定，各部门要协调一致支持海上保安厅的大陆架调查工作，从２００４年度开始用６年时间、投入１０００亿日元进行大陆架勘探工作，其中２００４年度将投入１０４亿日元，除继续使用海上保安厅的调查船外，还将大量投入文部科学省的海洋调查船及民间船舶，争取在２００９年５月之前向联合国大陆架界定委员会提出报告。日本首相小泉纯一郎强调：“进行大陆架调查是百年大计，一定要搞好。”