靈巖寺位於長濱鄉三間村，在海岸山脈中段，花東交界的羅漢山海蝕洞穴之內。以地質學的角度而言，海岸山脈乃約二千萬年前海底火山爆發所成的山脈，再加上近二十萬年來地底間歇性的陸塊上昇，使原本沈於海底的山脈，逐漸浮露水面，原在海中的山，長年經過海浪不斷的侵蝕，較為薄弱的土質即被浪水沖蝕而流失，形成洞穴。其中以靈巖洞最為寬大、最為壯觀，洞口寬約 十四公尺 ，洞深為 四十公尺 ，距洞底的中間地帶為 六公尺 ，洞底約有 十一公尺 ，洞口的最高點處約四十餘公尺，全洞為集塊岩所組成，後有群山環抱，山巒疊嶂，東臨太平洋，風景秀麗。

　　民國五十七年底，台大林朝棨、 宋文薰 教授率學生在八仙洞的海蝕洞穴做過四季五次的考古發掘，在潮音、海雷、乾元、崑崙等洞的底層發現非常豐富的舊石器， 李濟 博士命名為「長濱文化」，屬於舊石器時代晚期，是目前所知臺灣最古老的史前文化，也是最早發現的舊石器文化。其石器都是以打剝法製成，原料均為採自海邊的礫石，是典型的礫石器工業。完全沒有農牧的跡象，未發現人骨遺骸，與後來臺灣各新石器文化間沒有直接連繫。其石器製造技術與基本類型，倒與大陸華南地區發現的相類似。長濱文化的年代距今約三萬年到五千年，洞穴越低年代越晚，(因陸地上升海水後退)，最低的潮音洞距今約五千年左右。
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　　目前靈巖寺在八仙洞風景區之內，整座寺包括有龍舌洞、雲岩洞、觀音洞、地藏洞。東部海岸每年常有風災、水災等天然災害，百年之前，當地移墾之農民為逃避風災，常入洞內避難，並祈求觀世音菩薩庇佑渡過災難，由於經濟欠佳，故當地居民以泥土塑觀音菩薩像加以膜拜，祈求平安。
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　　民國十六年，由花蓮縣瑞穗鄉一位姓名不詳的出家人，俗名阿禮師者前來，並發起當地居民捐資建寺供佛，阿禮師以水泥塑像供居民膜拜，並宣揚佛法教化移墾之居民。阿禮師往生後由釋真圓法師接任主持，後再由 徐金水 居士接任。民國四十五年再由釋靈岩師(宋維海)接任住持。民國六十一年釋靈岩退隱，由 朱靜禱 居士繼任住持，民國六十三年三月再由宏悟法師接任住持，民國六十八年十月宏悟法師閉關，再改由釋法真師接掌持，目前則由印觀法師任住持。