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依所得基本稅額條例及有價證券交易所得計入個人基本所得額查核辦法規定，納稅義務人出售非屬「上市、上櫃及興櫃」公司股票，應以交易時之成交價格，減除取得成本及必要費用後之餘額為所得額，申報個人之所得基本稅額。

【舉例說明】
納稅義務人甲君97年度出售非上市櫃之A公司股票3萬股，有價證券交易所得計750萬元，未依規定於97年度綜合所得稅結算申報時，加計申報基本稅額，經該局核定，其基本稅額40萬元，較其一般所得稅額5萬元高，除補徵稅額35萬元並處罰鍰17.5萬元。甲君不服，申經復查、訴願及行政訴訟，均遭駁回。

南區國稅局對此提出說明：稅捐之徵收應依照納稅義務人負擔稅捐之經濟能力予以公平分配，此即「量能課稅原則」，而基本稅額條例制定之目的，即在實現「量能課稅原則」，以維護租稅公平，確保國家稅收，建立營利事業及個人所得稅負擔對國家財政之基本貢獻，避免因適用租稅減免產生稅負偏低情形，故一般所得稅額若高於或等於基本稅額者，已達所得稅之基本貢獻度，其應納稅額即不受基本稅額條例影響；倘一般所得稅額低於基本稅額者，因未達所得稅之基本貢獻度，其應繳納之所得稅，除按所得稅法及其他相關法律計算認定外，應另就基本稅額與一般稅額之差額繳納之。

基本稅額條例第 12條第1項第3款第1目，僅規定未上市（櫃）股票及私募基金受益憑證之交易所得應計入個人之基本所得額，係因目前證券交易所得依所得稅法第4條之1規定停徵所得稅，而未上市（櫃）股票無公開交易市場，容易淪為納稅人移轉財產進行租稅規劃之工具。實務上高所得者常藉成立投資公司，將個人之未上市（櫃）股票出售予投資公司之方式，把個人應稅之股利所得轉換成免稅之證券交易所得，以規避稅負，故將未上市（櫃）股票交易所得納入最低稅負稅基，有助於稅源之掌握。基本稅額條例第 12條第1項第3款第1目之規定，屬所得稅法第4條之1之特別規定，應優先適用，納稅義務人如有出售非屬「上市、上櫃及興櫃」公司股票，應依法計算申報基本稅額，以免遭補稅送罰。