精油養生雖看似溫和，但使用不當，還是有毒副作用。中醫師吳明珠在北市中醫師公會衛教講座中指出，有些精油有光毒性，少部分具神經毒性，部分民眾則可能產生接觸性過敏反應。
除了常見的萊姆、柳橙等精油具光敏感性作用外，中醫師指出，如小茴香精油等外用後照射太陽也可能產生光毒性。
許多臨床醫師趣稱，再怎麼看似平常的物質都有人接觸後發生過敏，更何況精油是萃取自藥材的高濃度揮發物質，並非隨處可見的天然物；有民眾吸入微量便產生接觸性皮膚炎，或用以薰香後，經由血液循環引發全身性過敏；還有人只塗抹在腳上也全身過敏。
使用精油後可能產生的皮膚副作用，中醫師表示，主要以化學性灼傷、紅腫脫皮與水皰最常見，檸檬、薄荷、肉桂、茴香，百里香等都常引發皮膚刺激。此外，萃取精油的過程萬一使用有機溶劑，也容易造成刺激。
芳香類藥用植物多有精油成分，但有些民眾無論外敷或內服，只要接觸到微量的精油就會過敏。醫師並提醒，外用的精油無論如何稀釋，使用前都得特別留心，必須先擦在前臂內側3~4天觀察反應，也不宜在傷口處使用，使用後避免曝曬陽光。
